Die Giordano Bruno Stiftung verfügt satzungsgemäß über drei Gremien:
Vorstand, Kuratorium und Beirat (hier als Kurzübersicht). Verantwortlich für die Stiftungsarbeit ist der Vorstand, der vom Kuratorium kontrolliert wird.
Der Beirat hat beratende Funktion. Die Beiratsmitglieder unterstützen die allgemeine Stoßrichtung der Stiftung, sind jedoch nicht für jede Aktivität des Stiftungsvorstands verantwortlich zu machen.

Österreichische Beiratsmitglieder

• Gerhard Haderer, Karikaturist, Zeichner, Autor
• Prof. Dr. Heinz Oberhummer, Kern- und Astrophysiker.
• Prof. Dr. Gerhard Streminger, Philosoph
• Prof. Gerhard Wimberger, Komponist/Dirigent
• Prof. Dr. Franz Wuketits, Evolutionstheoretiker/Zoologe